元明时期，蒙古与女真已有往来。元朝对居住于东北地区的女真人，实行设官管辖，随俗而治，并在该地区开辟驿站，实行屯田。努尔哈赤的先辈猛哥帖木儿即是元朝所辖一个万户的首领。
明代女真始分三大部，即建州女真、海西女真和“野人”女真，后又分为四部：建州部、长白部、扈伦部和东海部。他们居住于东北长白山、黑龙江、牡丹江、松花江流域及库页岛等地。历史上女真族与蒙古多有血缘关系，扈伦部所属叶赫、哈达和乌喇等部，均与蒙古有姻戚关系，建州女真与兀良哈蒙古人也有亲戚关系。女真族与蒙古地域相连，女真人与蒙古人，服饰相类，都善长骑马射箭，习于狩猎，有着密切的经济文化往来。他们在明廷开设的辽东广宁和开原马市上，常有贸易，交易马匹。在生活的实践中，女真人学会和使用蒙古语，一度使用蒙古文，后来在蒙古文的基础上创制了满文，语言文字的相通，为女真和蒙古之间的交往创造了方便条件。
十六世纪后期，女真部首领是努尔哈赤(1559-1626)，姓爱新觉罗（汉译金）。努尔哈赤时代，女真各部蜂起，皆称王争长，自1583年起，努尔哈赤开始统一女真内部的战争。扈伦四部之一的叶赫部，与努尔哈赤为首的建州部有矛盾，1593年叶赫部首领布寨和纳林卜禄联合蒙古科尔沁部的瓮阿代、莽古思、明安等人及其所属锡伯、卦尔察、哈达、乌喇、辉发和满州长白山所属朱舍里路、纳殷路等九部兵三万人，进攻努尔哈赤，史称九部联军伐满洲。联军立阵于浑河北岸，努尔哈赤率军迎战于古培山。努尔哈赤采用集中兵力各个击破的战术，先战败叶赫，继之攻破哈达、乌喇等部，蒙古科尔沁部明安乘骑被陷，换骣马逃走。联军失败，努尔哈赤大胜，从此满洲威名大震。
努尔哈赤借着古埒山战役胜利之机，派俘获的科尔沁部入返回，做争取联络科尔沁部的工作。1594年，科尔沁部明安和内喀尔喀部老萨等，派遣使臣表示停战和好，科尔沁部向努尔哈赤献战马百匹、骆驼十峰，其中马六十匹、驼六峰送给努尔哈赤本人，其余分送努尔哈赤部下。这是蒙古科尔沁等部与满洲通好之始。不久内喀尔喀五部之一的巴约忒部的恩格德尔台吉归附努尔哈赤，并于1606年率内喀尔喀五部的使者向努尔哈赤进贡，为其进献尊号，称努尔哈赤为昆都仑汗，又称神武皇帝，这是蒙古部称努尔哈赤为汗的开始，从此蒙古部每年与女真部往来。
努尔哈赤对内统一女真诸部，对外又招抚蒙古科尔沁等部，在女真贵族的拥戴下于1616年建立后金国，建元天命，是为清太祖，定都赫图阿拉(今辽宁省新宾县西老城)，后改称兴京，这是满州贵族建立的独立于明王朝的新政权。努尔哈赤建立新政权后，对内巩固政权，对外争取联合蒙古，目的是入主中原，取代明朝。1621年迁都辽阳，称东京，1625年又迁都沈阳，1634年改称盛京。
内蒙古各部归附清朝
蒙古高原上的大漠，史称渤海，大漠以南为内蒙古。其地域东至吉林、黑龙江界，西临贺兰山阿拉善厄鲁特蒙古，南接陕西、山西和长城，北靠喀尔喀蒙古。内蒙古地区，东有嫩江流域的科尔沁部和西拉木伦河流域的巴林、扎鲁特、奈曼、翁牛特、喀喇沁和土默特等部；西有鄂尔多斯和归化城土默特；察哈尔部居中，林丹汗为 蒙古诸部名义上的大汗。努尔哈赤及其继承者，为了入主中原取代明朝，对蒙古采取了政治联合和武力征服的策略。扩充后金国实力，不使蒙古倒向明朝。采取如下几个步骤：
天命四年盟誓。天命四年(1619)十一月后金与内喀尔喀五部订立盟约，双方各派使臣参加，后金国使臣有雅希禅、希福等五人，蒙古使臣有杜棱洪巴图鲁、恩格德尔和奥巴等二十余人。双方使臣举行仪式，杀白马、黑牛，盟誓和好，合谋并立，遵守誓约，共同对付明朝。
致书林丹汗联合伐明。天命四年十月，努尔哈赤收到察哈尔林丹汗的使者康喀儿拜虎带来的信，书信主要内容：一是林丹汗自称四十万众蒙古国主。向水滨三万人的满洲国主努尔哈赤问安；二是表明察哈尔部联合后金国攻打明朝。第二年正月，努尔哈赤派使者硕色乌巴什复信往见林丹汗，明确表示满洲与蒙古服制相类，应联合伐明，指出明朝以重利拉拢察哈尔是因为后金要攻打明朝之故，表示愿与林丹汗“合谋”，“以伐深仇之明”（《清太祖实录》卷7）。同时信中也批驳了林丹汗自称四十万众之主的言论，告诫林丹汗不要忘记元朝是为明朝所推翻的事实，他哪里是四十万众之主。万众之主也称不上，以此坚定林丹汗与后金联合伐明的决心。
天命九年盟约。努尔哈赤为主攻明朝，一方面联合蒙古内喀尔喀五部，壮大自己力量，另一方面要防止察哈尔部的崛起，真正成为蒙古各部之主，为此要联合与察哈尔有矛盾的科尔沁部，利用蒙古内部的矛盾，使业已存在的与后金有往来关系的科尔沁部，通过盟约形式加以巩固。天命九年二月，努尔哈赤派遣使臣库尔禅和希福前往科尔沁部，与科尔沁部首领奥巴等会盟，双方订约：联合进攻察哈尔林丹汗，任何一方不毁约，不单独与察哈尔会盟。盟约对双方有利，科尔沁部借用努尔哈赤的力量是为了摆脱林丹汗的统治；努尔哈赤利用科尔沁对付察哈尔，以解除伐明的后顾之忧。
援助科尔沁，打败林丹汗。林丹汗为继承祖业，统一蒙古各部，力图恢复大汗在左右翼的权威统治。对内采取掠夺方式，夺取其叔祖代青贝勒所属石纳明安部落的属民和牲畜；对外攻伐蒙古各部，向科尔沁等部征兵括马，强索飞鹰和名马，使蒙古各部纷纷脱离察哈尔，投奔后金。天命十年林丹汗率兵进攻科尔沁；围奥巴所居格勒朱尔根城，奥巴向努尔哈赤告急，要求他履行盟约，出兵援助。努尔哈赤派其子皇太极选精骑五千驰援。林丹汗围城不克，又听到皇太极来援科尔沁，撤围城兵而走。奥巴因战察哈尔之功，努尔哈赤于天命十一年封奥巴为土谢图汗，是为科尔沁第一代土谢图汗。皇太极也曾于天聪二年(1628)与蒙古喀喇沁部盟誓，共同对付察哈尔。随着科尔沁部归附后金，自天命至天聪年间内蒙古的敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、喀刺沁以及鄂尔多斯、归化城土默特等部相继归附后金。
努尔哈赤死后，1626年九月皇太极即位，定明年改元天聪，是为清太宗。皇太极继承其父遗愿攻打察哈尔，追林丹汗至归化城，并占领了归化城，林丹“殂于西喇卫古尔部落打草摊地”。皇太极于天聪八年(1634)又获蒙古的玛哈噶喇佛像和传国玉玺，次年林丹汗的妻子苏泰哈屯率子额尔克孔果尔额哲和属部投奔后金。这样以林丹汗为代表的成吉思汗家族的统治宣告结束。
1636年四月皇太极在盛京召开大会，内蒙古十六部四十九名王公贵族与后金满蒙汉文武百官参加，以得佛像和传国玺为契机，实现其登极称帝的愿望。参加大会的内蒙古十六部有：察哈尔、科尔沁、扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯、敖汉、奈曼、巴林、土默 特、扎鲁特、四子部落、阿鲁科尔沁、翁牛特、喀喇齐哩克、喀喇沁和乌喇特部等。察哈尔部的额尔克孔果尔额哲、科尔沁部的土谢图济农巴达礼和翁牛特部逊杜棱等参加大会。蒙古各部代表与满蒙汉各大臣，以满蒙汉三体表文上书，共推皇太极“博格达彻辰汗”即宽温仁圣皇帝，建国号为大清，改元崇德。会上对蒙古部王公台吉分别封以亲王、郡王等爵位和赐以达尔汉诺青等号。从此皇太极不仅是东北满、汉人的皇帝，而且也成为内蒙古各部贵族的大汗。
喀尔喀蒙古臣服于清朝
喀尔喀蒙古(即明代外哈喇哈部)地处瀚海之北，称外蒙古，又称漠北蒙古。明末分三部，清为四部。东临黑龙江将军辖境，西至阿尔泰接新疆，南至瀚海与内蒙古相连，北与俄罗斯接壤。
明末，喀尔喀部归察哈尔林丹汗管辖，察哈尔归附后金，喀尔喀部也与后金有往来。向后金国贡驼马，崇德间始贡"九白"，顺治朝设八扎萨克，分左右二翼，康熙间正式归附清朝。初分三部为十谢图汗部、车臣汗部和扎萨克图汗部，雍正间增赛因诺额部，遂称喀尔喀四部。
喀尔喀蒙古归附于清朝，经历了一个由通贡贸易到正式臣服的过程，经历了几十年时间，有的部落与清朝来住多些早些，大致经过了内部矛盾，外部入侵：两次会盟等过程。
喀尔喀蒙古王公贵族为争夺牧场、牲畜和属众发生内讧。康熙年间，扎萨克图汗成衮和土谢图汗察浑多尔济因争夺逃亡属众发生战争，而后沙喇继任扎萨克图汗，土谢图汗执杀扎萨克图汗而夺其妾。康熙二十七年(1688年)准噶尔蒙古噶尔丹，乘喀尔喀内讧之机，率三万骑兵入侵喀尔喀；喀尔喀牧民在战乱中多逃住内蒙古，清朝政府将他们安置在乌珠穆沁、浩齐特、扎赉特、阿巴噶、乌喇特、茂明安、四子部落等各部游牧地的界内或界外。土谢图汗部骑兵与噶尔丹在鄂罗会诺尔鏖战三日，察珲多尔济兵败后，联合其弟哲布尊丹巴呼图克图"吁请内附"。
库抡伯勒齐尔之盟。康熙间扎萨克图汗部与土谢图汗部因争属众发生战争。康熙二十五年(1686)清政府派理藩院尚书阿喇尼，会同达赖喇嘛代表噶勒旦西勒图前往调停。清廷目的是保卫边境安全。集中力量在东北对付沙俄入侵。土谢图汗部代表哲布尊丹巴呼图克图。扎萨克图汗部代表沙喇与清政府代表阿喇尼和达赖喇嘛使者，四方代表会集库抡伯勒齐尔，在会谈中下令土谢图汗部" 尽遣所收逃众"，扎萨克图汗部也应如数归还，四方商谈未达成协议，土谢图汗部仅以一半逃众归还扎萨克图汗。这次会盟为后来的多伦诺尔会盟打下基础。
多伦诺尔会盟。喀尔喀王公贵族内讧，噶尔丹乘机进攻喀尔喀，迫使喀尔喀民众南迁；清廷为了巩固北部安全，选择了内外蒙古适中地点多伦诺尔(今内蒙古多伦具)。康熙三十年(1691)4月，康熙帝亲率文武百官及上三旗官兵，由张家口出边"抚绥"蒙古，派遣兵部尚书马齐前往多伦诺尔安排会盟礼仪。外蒙古三汗随内扎萨克四十九旗王公贝勒贝子公等先期到达，先驻离多伦诺尔御营百里之外，后移至五十里之外驻帐。届时外蒙古汗济农台吉等三十万人列于右，以土谢图汗察 浑多尔济为坐次之首，与众百官朝见康熙帝。通过这次会盟在喀尔喀蒙古实行内扎萨克蒙古的设旗编佐制，在保留喀尔喀三部汗号的基础上，去其原有的济农、诺额之名，与内蒙古四十九旗一例编设，并对三部各济农诺颜等封以亲王、郡王、贝勒、贝子等爵。从此喀尔喀蒙古正式列入清朝版图，这对于加强清朝北部边防，巩固 统治，有力抵御沙俄入侵，以及恢复喀尔喀民众因战乱受到破坏的生产、生活，是有积极意义的。噶尔丹的进攻，使喀尔喀牧民的生产遭受破坏?大批难民生活贫困，他们失去牲畜和蒙古包。清朝政府对南逃的喀尔喀牧民采取了一是赈济，发归化城、张家口和独石口的粮食，赈济难民；二是派清朝所属官员、从归化城和四子 部落抽调官员前往管理；三是设临时扎萨克，管辖逃来之众。喀尔喀蒙古遂成为清朝的北部屏藩，防备朔方，比长城更为坚固。
在喀尔喀蒙古归附于清朝的过程中，值得记一笔的人物是哲布尊丹巴呼图克图。他姓博尔济吉忒，原名扎那巴扎尔，为土谢图汗衮布多尔济之子，察珲多尔济之弟。1634年(天聪八年)转世，后入藏学法，返回喀尔喀，宣扬黄教，僧众称为温都尔格根。噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，喀尔喀的僧俗封建主有的主张投奔俄罗斯，有的主张投靠清朝，众议不定，众人请决于黄教首领扎那巴扎尔。哲布尊丹巴呼图克图认为俄罗斯素不奉佛，风俗与蒙古不同，语言和服饰不同于蒙古，因此投靠俄罗斯不是久安之计。赞同车臣汗部纳木扎勒首倡内附清朝的意见，带领喀尔喀僧俗封建主及其属民南下求援归附清朝。清廷令其掌管喀尔喀黄教事务，是为喀尔喀第一 世哲布尊丹巴，蒙古称其温都尔格根。年九十圆寂。
征服卫拉特
卫拉特蒙古，在清代又称额鲁特蒙古或厄鲁特蒙古。明末清初，卫拉特有四部：准噶尔、和硕特；杜尔伯特和土尔扈特；土尔扈特西迁后。原附属于杜尔伯特部的辉特部加入四部行列，又组成卫拉特四部。四部中准噶尔和杜尔伯特贵族姓绰罗斯，和硕特贵族姓博尔济吉忒，辉特部贵族姓伊克明安，土尔扈特贵族姓氏史书不载。
卫拉特蒙古各部游牧于巴尔喀什湖的以东以南和湖的周围区域，崇德初年开始与清朝有贸易住来，清廷对于西北边陲的游牧部落是十分重视的。康熙年间噶尔丹入侵喀尔喀，深入内蒙古，兵锋遥指北京，造成对清廷的极大威胁，自康熙朝开始，采用武力征服和政治招降等手段，历经雍正一 代，直至乾隆年间才得以征服卫拉特蒙古。）
清朝对准噶尔汗国的战争
准噶尔一词，汉义左翼。作为部族名称，指的是准噶尔部，作为地域名称，指的是准噶尔盆地。在清代早期，准噶尔一般是指卫拉特四部之一，后来准噶尔部强大，统辖四卫拉特，这时准噶尔一般亦泛指卫拉特蒙古。
准噶尔部噶尔丹的兴起和强大。准噶尔部在哈喇忽刺和其子巴图尔浑台吉统治时期开始强大。1634年哈喇忽刺死，第二年巴图尔珲台吉即位，统辖卫拉特诸部，参与和主持制定1640年的《都沁·都尔本蒙古大律令》，这部法律所代表的是四十万众蒙古和四万卫拉特蒙古，对全体蒙古人是有约束力的。1653年巴图尔珲台吉逝世，其子僧格即位，不久发生内讧，1670年僧格为其同父异母弟车臣台吉等所杀。这一事件很快被在西藏当喇嘛的僧格之弟噶尔丹(1644- l697)知道，噶尔丹从西藏返回准噶尔，在僧格旧部支持下；打败车臣台吉，掌握了准噶尔的统治权。
噶尔丹统治时期，以伊犁作为政治中心，控制着天山南北广大地区，康熙十八年(1679）得到达赖喇嘛赐号：博硕克图汗，这一称号对噶尔丹统治卫拉特蒙古诸部是十分重要的。对外与沙皇俄国也有联系，噶尔丹企图借用俄国力量，对内加强统治，以此与清廷抗衡。控制卫拉特诸部和回部后，噶尔丹下一个步骤即向喀尔喀蒙古扩张，时值康熙二十七年喀尔喀蒙古内讧，噶尔丹乘机兴兵入犯，打败喀尔喀兵，威胁到清朝的安全。
清朝政府在平定三藩之乱后，腾出手和时间对付沙俄对东北的侵犯，还未来得及出兵喀尔喀和准噶尔，噶尔丹的进攻，迫使清廷拿出一部分力量对付蒙古，以巩固清朝西部和北部的安全。多伦诺尔会盟是以政治手段比较园满地解决了喀尔喀蒙古问题，同时为进一步抵御和进攻噶尔丹准备了条件。
清朝政府通过谈判，1689年与俄国签订了《尼布楚条约》，誓时稳住了东北地区。康熙帝对噶尔丹十分警惕，认为他“此人力强志大，必将窥伺中原，不至殒命不止，岂容泛视，置诸度外”，“一日不除，则疆圉一日不靖”。1690年康熙帝组成二路大军进攻噶尔丹，于是清军与准军会战于乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗境内，)，噶尔丹以二万骑兵迎战，摆“驼阵”以抗清军，清军用火炮攻破“驼阵”防线，噶尔丹兵败逃回科布多。
1696 年(康熙三十五年)康熙帝决定发兵十万，第二次进攻噶尔丹。兵分三路，东路军由黑龙江将军萨布素率领，西路军由抚远大将军费扬古，中路军由康熙帝亲自率领，出独石口，直奔克鲁伦河。五月，清军与准军大战昭莫多(今蒙古国乌兰巴托南宗莫德)，战斗激烈，各有伤亡，噶尔丹寡不敌众，被清军战败，率少数人马，逃注塔密尔河一带。六月，清军中、西两路会师归化城。
康熙帝第三次征讨噶尔丹是1697年，亲临宁夏指挥作战。噶尔丹因前两次战败，兵力消耗殆尽，属众纷纷离散，既无牛羊，又缺少驼马，饥饿时捕兽而食。在清军强大攻势下，1697年三月噶尔丹逃至阿察阿穆塔台地方病死，其属下丹济拉和诺颜格隆等，携其女钟察海和属民三百户归附清朝。
噶尔丹策零与清朝。1727年(雍正五年)策妄阿喇布坦死；其长子噶尔丹策零继为准噶尔部大台吉。清廷对准噶尔始终是不放心的，在噶尔丹策零表示向清朝纳贡，又要求赴西藏熬荼时，清廷不准赴藏，并派岳钟琪为宁远大将军屯巴里坤出西路，博尔丹为靖边大将军屯阿泰山出北 路，出兵攻打准噶尔。噶尔丹策零率二万骑兵袭击清军据点科舍图卡伦。l731年(雍正九年)六月噶尔丹策零采用迷惑敌人的战术，假传军情，诱敌深入，埋伏重兵，清军行至和通呼尔哈诺尔(科布多以西)进入准噶尔军包围圈，一举被准军歼灭，副将军巴赛和查弼纳以下皆战死，逃回科布多仅二千人。噶尔丹策零大胜，“唱胡歌而返”。不久，在同年九月苏克阿勒达呼战役中，噶尔丹策零又被喀尔喀亲王策凌率领的清军打败。
额尔德尼招战役。噶尔丹策零于1732年六月率军进攻喀尔喀蒙古，派小策凌敦多布领兵三万向克鲁伦进发，清廷命喀尔喀亲王额驹策凌率军迎战，噶尔丹策零得知策凌不在塔密尔河牧地，遂派精骑突袭牧地，尽掠策凌妻子。策凌听此，由前线返回收地，“已发马尾”，急驰征讨，在额尔德尼招（又名光显寺，在今蒙古国乌兰巴托西南鄂尔浑河畔）战败噶尔丹策零，三万兵，击杀其半。1733年噶尔丹策零表示罢战请和。清廷派遣使臣参加喀尔喀蒙古和准噶尔蒙古关于划定牧界的会谈议定以阿尔泰山为界，阿尔泰山以东为喀尔喀牧地，以西为准噶尔牧地。清廷与准噶尔之间的矛盾暂时得以缓和。
阿睦尔撒纳与清朝的关系。阿睦尔撒纳为丹衷之子，祖父是和硕特部的拉藏汗，母亲是策妄阿喇布坦女儿博托洛克。后来其母改嫁于辉特部台吉韦征和硕齐，婚后生丹衷遗腹子，因此说阿睦尔撒纳是辉特部台吉，实际上却是和硕特部后裔。
1745年噶尔丹策零死后，准噶尔贵族争权夺位，内讧不止在噶尔丹策零的诸子之间，矛盾日趋尖锐，先是其次子策妄多尔济那木扎勒依靠自己的实力，即位（1746-1750）继之喇嘛达尔扎不服其弟策妄多尔济那木扎勒即位，起兵打败其弟，夺取了大台吉之位。阿睦尔撒纳在准噶尔贵族内讧中，利用其矛盾，削弱各方力量，壮大自己实力，早有统辖四卫拉特之心，“垂涎汗位”已久。l752年(乾隆十七年)阿睦尔撒纳率领精兵一千五百人，支持达瓦齐，攻入伊犁，杀死喇嘛达尔扎，推举达瓦齐当了准噶尔部大台吉（1752-1755）。不久，1753年十月阿睦尔撒纳向达瓦齐提出分辖准噶尔诸部的要求，遭到达瓦齐拒绝，二人联盟破产。十一月达瓦齐出兵攻打阿睦尔撒纳，达瓦齐三战皆败，退兵屯于博罗塔拉。1754年六月达瓦齐重整旗鼓亲率三万大军攻打阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳兵败投奔清朝，以借助清廷军事力量重返准噶尔。清朝封阿睦尔撒纳为亲王，任命为定边左副将军，发给印信。
清廷对准噶尔地区十分重视，无论是谁掌管该部大权对清朝始终是一个严重威胁。1755年二月清廷正式出兵向达瓦齐驻地伊犁进发，阿睦尔撒纳率北路军参加对达瓦齐的战争。五月，清军与达瓦齐所率准军会战格登山(今新疆昭苏县境内)，达瓦齐兵败逃住喀什噶尔，途中陷入乌什城阿奇木伯克霍吉斯的埋伏中，达瓦齐被擒，押解北京，免死，封亲王。
阿睦尔撒纳在进军伊犁中，不穿官服，不用官印，自用珲台吉菊形篆印行文各部，任意调动军队；同时向属下宣布：阿睦尔撒纳这次军事行动是“统领满、汉、蒙古兵来平此地”。清廷对阿睦尔撒纳早有戒心，在他降清后立即让阿睦尔撒纳带兵攻打达瓦齐，以阿睦尔撤纳制服准噶尔。乾隆帝下密令让西路军定边右副将军萨喇尔在军中监视阿睦尔撒纳“务须留心防范，慎勿任其所行”，下令定北将军班第：军中事宜要协同商办，不得让阿睦尔撒纳“独办”。清廷得到班第密报后，八月令阿睦尔撒纳去热河避暑山庄朝见乾隆帝，趁机对阿睦尔撒纳捉拿归案。阿睦尔撒纳对清朝对他的防范已有察觉，不敢公然违命不去热河，只好故意拖延，借机商讨脱逃之计，行至乌隆古河，以回牧地扎布汗河治装为由，将副将军印交额璘沁多尔济代管，脱离清朝率众反清，随行者有阿巴噶斯和哈丹等。
阿睦尔撒纳的反清是想借用清廷力量重返准噶尔执掌四卫拉特的目的未达到而引的。清廷出兵镇压阿睦尔撒纳是早有的既定方针，不能让准噶尔势力扩大，更不能让阿睦尔撒纳这样想当四卫拉特总台吉的人统辖准噶尔，威胁清朝对西北地区的统治。铲除阿睦尔撒纳，征服准噶尔是清朝的总方针。在派清军追击阿睦尔撒纳的战斗中，清廷几换带兵将领，征调兵源运送粮草；对阿睦尔撒纳穷追不舍，阿睦尔撒纳在清军追击下，加之当时准噶尔流行痘疫，军力大减，于1757年七月逃入俄国，八月被送往托波尔斯克，九月因患天花病死于托波尔斯克。
俄国密切注视准噶尔贵族的内讧，妄想从准噶尔贵族中寻找它的代理人。阿睦尔撒纳反清，俄国认为时机已到，先派使臣送信到准噶尔，诱使阿睦尔撒纳投俄，后派阿布都尔·卡斯金诺夫到准噶尔活动，沙皇政府授意卡斯金诺夫，劝导阿睦尔撒纳到俄“避难”，如果阿睦尔撒纳愿到俄国避难。“今后对他会作为嫡系继承人和准噶尔的统治者”对待。
阿睦尔撒纳的死，使俄国想利用准噶尔贵族来染指清朝西北边疆的企图遭到破产。对清朝消除了一个隐患，清廷还怕有诈，几经与俄国交涉，坚持要验视尸体，遂派土谢图汗部齐巴克雅喇木丕勒亲王等到恰克图实地验视才算了事。
准噶尔部与清朝时战时和的过程中，四卫拉特之一的杜尔伯特部归附了清朝。达瓦齐统治时期，率兵进攻杜尔伯特牧地阿尔泰山和额尔齐斯河流域，杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什和车凌孟克，史称“三车凌”，准噶尔部强大时依附于准部，准噶尔内讧，“三车凌”率所属部众三千余户，一万多人，离开额尔齐斯河，长途跋涉，投奔乌里雅苏台将军成衮扎布处。成衮扎布遵照清廷意旨，对投诚的三车凌部属给以妥善安置，发放牛羊和粮食，给以赈济。编设盟旗，委以官职。附属于杜尔伯特部的辉特部，随着杜尔伯特部一并归附了清朝。辉特部游牧于天山以北广大地区，土尔扈特部西迁伏尔加河后，辉特别为一部，又组新的四卫拉特。乾隆中期在辉特设旗编佐。
土尔扈特部是卫拉特四部之一，原游牧于塔尔巴哈台和额尔齐斯河中游西岸的草原。17世纪30年代，土尔扈特部首领和鄂尔勒克率领属众，并联合和硕特、杜尔伯特的一部分牧众，共有五万余帐，越过哈萨克草原；远徙额济勒河（今苏联伏尔加河)下游地区游牧。迁徙的原因是避免卫拉特内部的冲突，对外寻找新的牧场等。居住中心在伏尔加河和乌拉尔河之间的玛努托海。
土尔扈特部西迁后，与卫拉特部仍有往来，1640年曾派代表参加制定《都沁·都尔本蒙古大律令》的会议，顺康时期派使者与清廷有住来。乾隆年间土尔扈特首领渥巴锡继汗位，这时土尔扈特广大牧民不堪忍受沙皇俄国的压迫和剥削；俄国对外作战，向土尔扈特征兵。给土尔扈特牧民带来灾难。土尔扈特民众生活在异乡别国，宗教信仰不同于当地东正教，很向往回到故土卫拉特蒙古地区。
l771年一月渥巴锡和舍楞等率领三万余户土尔扈特、和硕特等部众，冲破俄国军队的追击和拦截，克服疾病和战斗中伤亡的困难，历辛艰难，长途跋涉，回到伊犁地区。乾隆帝在避暑山庄万树园接见了渥巴锡等人，对回到故土的土尔扈特部众给以安置，分划牧场，给以贩济，设官赐爵。
自康熙年间，清朝开始征服准噶尔，几经战争，历经雍正至乾隆朝，战败阿睦尔撒纳，以准噶尔为代表的卫拉特诸部终于归附于清朝。
和硕特汗廷的建立与和硕特部并入清朝
和硕特部为卫拉特四部之一，部族首领姓博尔济吉忒。主要牧地在塔尔巴哈台和斋桑湖一带。十七世纪三十年代，和硕特牧地缩小，牲畜增多，封建王公贵族为争夺牧场和属民发生内讧。和硕特部在顾实汗统治时期，由新疆北部移牧青海，史称青海和硕特。当时青海和西藏的形势也为和硕特南下提供了条件。
远征青海。早在十七世纪初，拜巴噶斯统治和硕特部时，势力雄厚，居四卫拉特盟主地位，率领四卫拉特对喀尔喀的硕垒乌巴什进行战争，并取得了胜利。1625年拜巴噶斯死后，顾实汗图鲁拜琥即位。黄教在西藏受红教排斥、压抑，因此向卫拉特信仰黄教的僧俗封建主提出求援。顾实汗祟信黄教，为扩大牧场，寻求新的牧地，于1636年出兵南下，1637年打败绰克图台吉占领青海，参加这次行动的还有准噶尔、杜尔伯特和土尔扈特等部。
创建和硕特汗廷。1641年顾实汗出兵西藏，次年灭掉藏巴汗丹津旺布；在西藏建立了以和硕特汗为首的蒙藏僧俗封建主的联合统治的政权，即和硕特汗廷，顾实汗成为统治青藏地区的最高统治者，以达赖五世为代表的黄教僧侣集团，承认顾实汗的世俗封建主政权，顾实汗获得持教法王称号，以黄教的保护者身份出现。
和硕特汗廷统治青藏地区达七十余年，和硕特汗是最高统治者，统辖青藏地区的军队，支配这一地区的土地和属民，任命高级官吏，征收赋税。对汗廷的根据地青海，和硕特汗委以青海八台吉统治，通过举行会盟处理和决定重大事务，八台吉上对汗负责，下辖左右二翼及各部属民，顾实汗的儿子为会盟首领。对西藏本土，和硕特汗驻扎拉萨实行统治，任命第巴管理西藏行政事务，设立噶布伦，组成噶厦，代表汗管理汗廷事务。
和硕特汗廷与清朝关系。大致可分三个历史时期：第一时期，自祟德二年至康熙三十五年（1696），和硕特汗廷与清廷双方互相承认彼此的政权，是一种睦邻关系。崇德初年和硕特汗派遣使者与清朝通贡，顺治十年达赖五世到达北京，清朝赐金册、金印。和硕特汗通过派使者，送达赖进京抬高汗廷政治地位，达赖喇嘛借此提高黄教的宗教地位，清朝册封达赖喇嘛，掌握住这位黄教领袖，对于清廷统治蒙古是极为有利的。
第二时期，从康熙三十五年至雍正元年，清朝统治势力逐步渗透到青海，对和硕特八台吉封王赐爵。这一时期，清朝臣服喀尔喀蒙古，打败噶尔丹，开始把注意力转向青海。康熙三十七年（1698）青海八台吉之一的达什巴图尔，进京朝觐康熙帝，被清廷封为亲王，这是清朝统一青海的开始。
第三时期，从雍正元年至三年，这一时期是清朝统一青海，设旗编佐，完全取代和硕特汗廷对青海的统治。康熙末年，准噶尔部策妄阿喇布坦入侵西藏，杀死拉藏汗，摧垮了和硕特汗廷，这一行动为清朝统一西藏创造了极好的条件，清廷出兵西藏?既可打击和削弱准噶尔势力，又可以实现统一西藏，是一举两得的事情。清廷利用和硕特王公台吉护送七世达赖的宗教热情，许诺占领西藏驱逐准噶尔后，恢复和硕特汗廷。清军占领西藏后，许诺并未兑现，这种形势对于早已“希图藏王，已非一日”的罗卜藏丹津来说是极为不利的。于是以罗卜藏丹津为首，联合青海僧俗封建主于l723年（雍正元年）在青海发动抗清事件。
罗卜藏丹津，达什巴图尔之子，顾实汗之孙。康熙间袭父爵为和硕亲王。1720年(康熙五十九年)以青海和硕特贵族代表，率属众护送达赖喇嘛入藏。清廷驱逐准噶尔，统一西藏的方针与和硕特贵族要恢复和硕特汗廷的愿望是矛盾的?罗卜藏丹津事件是这一矛盾激化的具体表现。l723年7月，罗卜藏丹津率众集会于巴尔托罗海，有众一万二、三干人，部众称罗卜藏丹津为达赖浑台吉，其余台吉也呼叫旧日名号。一概不许称呼清廷所封的王、贝勒、贝子、公等封号。以察罕诺们汗为代表的塔尔寺和郭隆寺喇嘛僧众二十余万纷纷参加：攻西宁，掠牛马，抗官军。这一事件极大的震动了清廷，急调兵马前往镇压，派年羹尧为抚远大将军，岳钟琪为奋威将军。郭隆寺之战。战斗激烈?败逃的喇嘛一千余人，被清军用火熏死在洞中。罗卜藏丹津兵败逃注准噶尔。乾隆二十年，清军征服准噶尔时才被俘获，押解北京。免死留住京师。
清廷镇压了罗卜藏丹津。统一了青海，采取了新的统治措施，采纳年羹尧提出的治理青海的《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》。青海事务完全纳入清王朝的统治轨道。雍正三年(1725)设旗编佐，对于没有参加罗卜藏丹津事件的亲王察罕丹津等?封官赐爵，给以奖赏。从此青海和硕特部正式并入清朝。
阿拉善和硕特。又称阿拉善厄鲁特，汉文史料“西套”，或称“套彝”，居住黄河河套以西而得名。康熙间，卫拉特内，各部封建主争权夺位，噶尔丹闻讯，从西藏返回卫拉特，于康熙十六年（1677）向和硕特部鄂齐尔图汗发动战争，击败鄂齐尔图汗，夺其属众和牧地。鄂齐尔图汗侄子巴图尔额尔克济农和罗哩，避噶尔丹进攻，率族属移牧于甘州和凉州边外居住，向清朝寻求保护。康熙二十五年十一月，清廷召集巴图尔额尔克济农和罗哩、鄂齐尔图汗之孙罗卜藏衮布阿喇布坦及达赖喇嘛使者等，划定牧地，以距离边六十里为界，和罗哩始定牧贺兰山（即阿拉善）麓定远城，并与罗卜藏衮布阿喇布坦聚合一处。康熙三十六年，清廷在阿拉善编佐设旗，授扎萨克，铸给印信。阿拉善和硕特归附清朝。
